Lorsqu'elle exerce ses activités depuis au moins 3 ans, une association ''loi 1901" régulièrement déclarée et exerçant ses activités statutaires dans le domaine de la nature, et de la gestion de la faune sauvage, de l'amélioration du cadre de vie, de la protection de l'eau, de l'air, des sols, des sites et paysages de l'urbanisme ou ayant pour objet la lutte contre les pollutions et les nuisances et d'une manière générale, oeuvrant principalement pour la protection de l'environnement, peut faire l'objet d'un agrément par arrêté motivé au titre de la protection de l'environnement dans un cadre départemental, régional ou national.
Cet agrément lui permet d'intenter une action en justice contre une décision administrative qui a un rapport direct avec les intérêts qu'elle défend. Elle peut aussi se constituer partie civile devant les juridictions pénales.

Enfin, elle peut recevoir mandat pour agir en réparation au nom d'au moins deux personnes physiques (cf. Art. L142-1 à L142-3)

Attention : modification apportée à partir du 1er janvier 2022 à la procédure d'agrément pour la protection de l'environnement (Code de l'Envt L141-1) en application de l'article 12 de la Loi 2021-1109 du 24 aout 2021 confortant le respect des principes de la République : pour toute demande d'agrément ou de renouvellement à partir du 1er janvier 2022, une association a l’obligation d'avoir souscrit un contrat d'engagement républicain (CER).
A noter que le décret no 2021-1947 du 31 décembre 2021 publié au JO Journal officiel du 1er janvier 2022 détermine (dans son annexe) le contenu du contrat d’engagement républicain des associations et des fondations bénéficiant de subventions publiques ou d’un agrément de l’Etat, fixe ses modalités de souscription et précise les conditions de retrait des subventions publiques.

Les associations agréées et habilitées au niveau régional sont listées à cette adresse.

Selon certains critères, une association agréée protection de l'environnement occupe également un rang privilégié parmi les acteurs amenés à participer aux débats publics et aux consultations sur les questions d'écologie et de développement durable.
Ainsi à l'échelon départemental, elle peut être habilitée à participer aux commissions suivantes : Commission départementale de la Nature, des Paysages et des Sites , Commission départemental de l'Environnement et des Risques Sanitaires et Technologies pour prendre part au débat sur l'environnement dans le cadre de ces instances consultatives.